Вполне вероятно, что могут использоваться имеющиеся уязвимости программного обеспечения. Как вариант, обновить версии софта на сервере, провести инструментальное сканирование, используя Nessus (бесплатный сканер уязвимостей), и устранить уязвимости, которые он выявит. Естественно, могут быть и ложные срабатывания, и невыявленные уязвимости, но процент ошибок очень мал. ИМХО, лучшее из бесплатного.